污染性质和污染速度取决于各种因素：如给水水质和系统回收率。通常污染是渐进发展的，如不尽早控制，污染将会在相对较短的时间内损坏膜元件。当膜元件确认已被污染，或在长期停机之前，或是作为定期日常维护，都需对膜元件进行清洗。
碱性清洗剂是一种高PH值的液体配方，主要用于去除有机物、污泥以及其它附着于膜表面的颗粒。江阴华东水处理有限公司的碱性清洗剂，适用于目前市场上绝大多数反渗透膜，中空纤维膜，纳滤及超滤膜。一般情况下，碱性清洗剂会与酸性清洗剂共同使用。
清洗液的组成浓度及应用温度取决于系统污染物的类别和数量，在工程师的指导下投加用药，通常的稀释比例是整个清洗系统体积的2-3%(通常为1:40)，整个系统包括清洗罐、连接管道、过滤器、压力容器和膜。清洗过程保持pH在11.5-12.5之间。
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